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Democracia, transparencia y ciencia abierta (punto de partida)

11 Nov

Ya lo decía Churchill, que “la democracia es el menos malo de los sistemas políticos”. Sus palabras exactas fueron otras, pero el fondo es el mismo.

Otra de las cosas que se dicen —aunque desconozco si éstas tienen autor acuñado— son que sin ciencia no hay futuro, que la ciencia nos hace más libres y, sobre todo, que la ciencia es necesaria para la democracia. Aunque todas ellas sean en gran parte ciertas, corren el riesgo de quedarse en lemas vacíos, hoquedades repetidas con entusiasmo creciente. Esta es una pequeña historia de cómo la ciencia y el pensamiento desde ella pueden ser un arma o escudo de doble filo, de cómo su correcto uso puede ayudar a revisar y mejorar aquello que ya tenemos.

El sistema de publicación en la ciencia es el de revisión por pares, o peer review. Consiste en que un grupo de investigación envía un artículo a una revista y ésta selecciona dos o tres expertos en ese campo para que valoren la información recibida, consideren si el trabajo es relevante, si está bien hecho y es fiable, propongan mejoras: para que acepten o rechacen su publicación. Como la democracia, el sistema no es perfecto, tiene un sinfín de debilidades, pero es el menos malo de los que se conocen.

Una de esas teóricas debilidades viene de la que podría ser una de sus fortalezas. La mayor parte de las revistas se mantienen gracias a suscripciones, por lo que sólo pueden leer su contenido aquellos que pagan las cuotas. Pero en los últimos años ha crecido con fuerza el movimiento llamado open access, o de acceso abierto. En este modelo son los investigadores quienes pagan por publicar un artículo, y a cambio éste puede leerse de forma gratuita y universal. Lo que a todas luces parece una ventaja —la universalidad de la información, la horizontalidad del contenido— tiene también sus sombras: las revistas pueden estar ávidas de publicar sólo por el hecho de cobrar, independientemente de la calidad de lo publicado. Y aquí comienza la historia.

John Bohannon quiso comprobar la calidad de las revistas de acceso abierto. Para ello se inventó —literalmente— un artículo científico. Le dio muchas vueltas para que tuviera consistencia, cierta relevancia. Pero introdujo errores imperdonables dentro del mundo científico, errores que deberían hacer a las revistas declinar su publicación. Básicamente “noveló” cómo una sustancia extraída de un liquen tenía propiedades anticancerígenas. Pero se inventó los nombres de los autores, puso errores en las comparaciones, no incluyó protocolos éticos y, en fin, repartió numerosas incoherencias a lo largo de todo el texto. Lo envió a 304 publicaciones de acceso abierto. Le contestaron 255. Nadie debería haberlo publicado, pero ¡lo aceptaron 157! Con esos datos preparó la información, incluyendo mapas con la ubicación de las revistas y sus cuentas bancarias, así como los correos intercambiados. Y todo esto ha sido publicado en Science, una de las “revistas de las revistas”. El fin de la ciencia abierta, la universalidad, la horizontalización.

¿O quizás no?

El artículo en Science carece de algunos de los requisitos que las otras revistas deberían haber pedido a Bohannon. La información es útil, no cabe duda, y en cierto modo escandalosa. El sistema dista de la perfección, pero si aplicamos un pensamiento más o menos científico: 1) Gran parte de esas revistas son irrelevantes en la escena científica. Algunas que no lo son, como Plos One, rechazaron tajantemente el artículo. 2) Al parecer la selección se hizo entre un grupo en el que había más posibilidades de encontrar irregularidades, y sobre todo 3) ¡No había grupo control! Es decir, no sabemos si también habría habido fraude en las revistas de pago ni si éste habría sido menor. (Y curiosamente se publicó en una revista de este tipo, claramente opuesta al sistema abierto).

Volviendo a la democracia. Una de las propuestas para mejorarla es aumentar la transparencia. Como con la ciencia, buscar una democracia más abierta. Los que se oponen esgrimen peligros potenciales. Bohannon seguro que destaparía algunos. Pero, simplificando, un pensamiento más o menos científico nos llevaría a pensar que lo de Bohannon equivale a que el presidente del gobierno denuncie irregularidades en las cuentas de los demás partidos sin exponer las suyas. Y a desterrar de un plumazo a la oposición.

Es decir. El menos malo, pero mejorable y revisable. No perdamos de vista a la ciencia para revisarlo.

*

Artículo publicado en la web de Dixit Ciencia, en 20000caligrafias y en el diario digital 50×7.com

La (¿deseable?) ciencia hacker

30 Jun

Si ya desde un inicio escribo: “ética hacker”, y si escribir poesía es poner juntas dos palabras que antes no se conocían, entonces es posible que, sin proponérselo, esta columna comience en forma de poema.

(Sólo que este poema ya es antiguo, lo inició el periodista Steven Levy y tiene ya casi 20 años.)

Computer hackerPorque pensar en un hacker es, a bote pronto, pensar en un criminal informático, un saltador de leyes, un virus de sistemas. Pero esa es una acepción parcial. En realidad las connotaciones de lo hacker son ambiguas, y su valor depende de la acepción que se escoja. Porque un hacker es también un apasionado de su oficio, del conocimiento y de la libertad, esas grandes palabras. Por eso, cuando se habla de ética hacker se habla de una actitud ante la vida y ante el trabajo que reúne tres características fundamentales:

– Que no hay separación clara entre ocio y trabajo. Que el dinero obtenido es fruto, pero no objetivo último.

– Que dicha actividad se ejerce en una comunidad. Que el reconocimiento se basa en el valor que aporta a dicha comunidad.

– Que precisa de libertad, de un camino libre de trabas.

Y no, es obvio que no todos los ámbitos son del todo susceptibles a esta forma de vida. Una utopía debe alejarse de la realidad, pero no olvidarla. Por eso es necesario buscarle un nicho, un lugar de experimentación. Y no sólo por obvio un buen nicho es la ciencia, ése en el que los experimentos tienen lugar. De ahí la llamada ciencia hacker. Porque si hacemos el paralelismo con los puntos anteriores:

– El científico es, ante todo, vocacional. Se mueve principalmente por la curiosidad. Quizás en última instancia por la reputación, pero raramente por el dinero.

– Su reconocimiento depende de los otros científicos, del valor aportado por sus publicaciones en esa misma, y experta, comunidad.

– Toda iniciativa científica se apoya en una ciencia anterior, y ese conocimiento debe estar disponible.

Y éste último es uno de los diversos pilares de la ciencia hacker. Porque el conocimiento y las publicaciones existen, pero muchas veces hay que pagar por ellas. Por eso hay quien aboga por una ciencia de acceso abierto que pueda fluir libre. Por eso ya han surgido numerosas revistas bajo esta política y por eso el gobierno americano ha obligado a que todas las investigaciones financiadas con dinero público sean publicadas en abierto. Porque, entre otras cosas, no tiene sentido que el Estado haya de pagar dos veces: para generar conocimiento y para poder acceder a él.

¿No?

*

ENCODE, o la transparencia del código.

10 Sep

Hace unos días se publicaron, simultáneamente y en varias revistas, multitud de datos sobre el proyecto internacional de secuenciación del ADN ENCODE. Los trabajos los fimaban más de 400 científicos que han trabajado -en mayor o menor medida- de forma conjunta. Entre las conclusiones que han obtenido es que gran parte de lo que se consideraba ADN basura no es tal. Y que variaciones en muchas de estas regiones antes denostadas parecen relacionarse con la aparición de multitud de enfermedades. Los datos, sus interpretaciones y la concepción de estos estudios tienen diversas aristas, que pretendemos tratar próximamente. Ahora, por lo pronto, nos interesa rescatar la parte final de un texto de Ed Yong, que ha trabajado este tema con gran dedicación y que habla sobre la comunicación y el uso futuro de todos estos datos:

(versión traducida)

¿Cómo van a buscarle sentido los científicos a todo esto?

ENCODE es enorme. Los resultados de esta fase se han publicado en 30 artículos principales en Nature, Genome Biology y Genome Research junto con una serie de artículos secundarios en Science, Cell y otras revistas. Y todo está disponible de forma gratuita.

Las páginas de las revistas en papel son un pobre repositorio para tal cantidad de datos, así que el equipo ENCODE ha diseñado un nuevo modelo de publicación. En el portal de ENCODE los lectores pueden seleccionar entre 13 temas de interés, y seguir sus “hilos” a lo largo de los diferentes artículos. Di por ejemplo que quieres saber sobre las secuencias “potenciadoras”. El hilo te llevará a los párrafos más relevantes de entre los 30 artículos de las tres revistas. “Para evitar que la gente tenga que filtrar previamente los 30 artículos y seleccionar los que realmente quiere leer,  nosotros le facilitamos ese hilo“, dice Birney.

Y sí, hay una app para eso.

La transparencia también es un asunto importante. “Con estos proyectos científicos tan exhaustivos, tiene que haber una gran confianza en que el análisis de los datos se ha hecho correctamente”, dice Birney. Pero no tienes simplemente que confiar. Al menos la mitad de las figuras de ENCODE son interactivas, y los datos que están detrás de ellas pueden ser descargados. El equipo ha diseñado también una “máquina virtual” – un archivo descargable con casi todos los datos y los códigos que se han usado en los análisis. Piensa en ello como en la sección de Métodos más completa jamás hecha. Con la máquina virtual “puedes reproducir paso por paso lo que hicimos para llegar a la figura”, dice Birney. “Creo que eso debería ser el estándar para el futuro”.

(versión original)

How will scientists actually make sense of all of this?

ENCODE is vast. The results of this second phase have been published in 30 central papers in Nature, Genome Biology and Genome Research, along with a slew of secondary articles in Science, Cell and others. And all of it is freely available to the public.

The pages of printed journals are a poor repository for such a vast trove of data, so the ENCODE team have devised a new publishing model. In the ENCODE portal site, readers can pick one of 13 topics of interest, and follow them in special “threads” that link all the papers. Say you want to know about enhancer sequences. The enhancer thread pulls out all the relevant paragraphs from the 30 papers across the three journals. “Rather than people having to skim read all 30 papers, and working out which ones they want to read, we pull out that thread for you,” says Birney.

And yes, there’s an app for that.

Transparency is a big issue too. “With these really intensive science projects, there has to be a huge amount of trust that data analysts have done things correctly,” says Birney. But you don’t have to trust. At least half the ENCODE figures are interactive, and the data behind them can be downloaded. The team have also built a “Virtual Machine” – a downloadable package of the almost-raw data and all the code in the ENCODE analyses. Think of it as the most complete Methods section ever. With the virtual machine, “you can absolutely replay step by step what we did to get to the figure,” says Birney. “I think it should be the standard for the future.”

La pirámide de la comunicación (científica)

13 May

Hay una estructura, en medio del “nuevo mundo” de las redes sociales, que no cuesta aceptar como una de las más deseables. Se trata de lo que la Indianopedia ha dado en llamar la “pirámide del compromiso” (que también ha sido recogida numerosas veces por el Antroposcopio de querolus). Básicamente se trata de una subida por peldaños en la generación de valor: desde el mero conocimiento de una “marca” (adhesión, publicidad) hasta la génesis de una identidad, de una verdadera comunidad. Para ello hay que ir ascendiendo por niveles como son la mera adhesión (los “me gusta” del Facebook, sin ir más lejos) o la participación por medio de blogs generadores de contenidos (lo que, por el momento, tratamos de hacer aquí). Parece, sin embargo, que, como Maslow, esta misma forma es la que pueden adoptar los distintos flujos de la comunicación, la científica incluida.

Mucho se debate sobre el papel de las redes sociales y/o la blogosfera en relación con los medios de comunicación “generalistas”. Incluso de cuál debe ser la evolución de estos últimos con el avance de las nuevas tecnologías, no sólo en cuanto adaptación al mercado, sino también sobre el papel que deben tener: si deben tender a ser  agencias de información o generadores de opinión. Y hasta qué punto siguen teniendo la exclusiva de la necesidad. En medio de este (trascendental) debate, la forma de la pirámide parece perfilarse como una atractiva opción. Un ejemplo bastante esclarecedor es el que ha tenido lugar hace unas semanas, con motivo de la salida a la luz pública del Proyecto Lazarus, a cargo de la investigadora Almudena Ramón Cueto.

El proyecto Lázarus ha sido organizado por familares de pacientes con lesión medular. Su propósito es recaudar mediante crowdfunding unos 700.000 euros, necesarios para llevar a cabo un ensayo clínico con 5 pacientes. Dicho ensayo consiste en el transplante de células nerviosas (procedentes de la glía del bulbo olfatorio) que se espera puedan restaurar la función medular perdida. Hasta aquí nada parece anormal. Pero:

El 6 de marzo de 2012 apareció en la cuenta de twitter de David Villa (el jugador del Barça, sí) un anuncio de difusión del proyecto. Pero el contenido, al parecer, no era del todo tranquilizador. Aparece entonces la base de la pirámide: @maikelnaiblog, bloguero del grupo Amazings realizó una pequeña investigación del asunto y publicó esta entrada: Proyecto Lazarus: ¿es ético saltarse los pasos sanitarios habituales? Lo que @maikelnaiblog resalta es que la doctora Cueto, aun perteneciendo al CSIC (institución rigurosa, en principio) ha tenido bastantes problemas con el Centro de Investigación Príncipe Felipe -en el que trabaja-, y que ya no recibe financiación del propio CSIC. Además, da a conocer que en el año 2000 publicó un artículo exitoso sobre el mencionado transplante en la prestigiosa revista Neuron, pero que desde entonces no hay trabajos en primates (siguiente paso necesario para llegar al ensayo clínico en humanos). Y concluye: “No tengo medios ni tiempo para investigar. Probablemente si lo hiciera me encontraría además con una demanda a la que no puedo hacer frente, pero me gustaría dejar el guante lanzado para que algún medio se pusiera manos a la obra.”

Es decir, solicitaba ayuda al siguiente escalón. Él, como parte de la “vasta horizontalidad” había detectado algo que creía debía investigarse. Pero ese no es su trabajo, ni probablemente su cometido. Sin embargo su labor puede ser crucial para que los cazadores de noticias “profesionales” tengan redes que lanzar.

El guiñó lo recogió el periódico El País, de la mano de Jaime Prats, que publicó el artículo “Alerta entre los científicos por una colecta para curar a parapléjicos” y en el cual, de una forma mucho más contextualizada y con la opinión de diversos “expertos” y profesionales relacionados, enriquece el debate (aun dando mayor calado a la postura crítica previa de Amazings). Pero además, cada escalón de la pirámide es susceptible de ser revisado, como hizo Pere Estupinyá en su tracker del MIT. Pere se hace eco de los distintos pasos de la historia, e incluye: “Parece que sí es precipitado realizar tales intervenciones en pacientes, y es lógico que las autoridades sanitarias no autoricen estos estudios. Otro asunto es si con el dinero de una fundación privada podrían ser permitidos. El comité de ética del CSIC todavía no se ha pronunciado. pero de momento, las notas de Amazings y El País ya han hecho la importante labor de moderar las exageraciones que se habían vertido sobre un proyecto en investigaciones que no están tan claras como sus responsables apuntan.”

Y lo han hecho en forma de pirámide.

Una pirámide cuya base está viva, se mueve, y debe crecer.

Un inicio

9 Abr

Michael Nielsen es uno de los máximos defensores e impulsores de lo que se ha dado en llamar Open Science. Hace unos meses publicó un libro titulado Reinventing Discovery, que comienza tal que así:

 

“Tim Gowers is not your typical blogger. A mathematician at Cambridge University, Gowers is a recipient of the highest honor in mathematics, the Fields Medal, often called the Nobel Prize of mathematics. His blog radiates mathematical ideas and insight.

In January 2009, Gowers decided to use his blog to run a very unusual social experiment. He picked out an important and difficult unsolved mathematical problem, a problem he said he´d “love to solve.” But instead of attacking the problem on his own, or with a few close colleagues, he decided to attack the problem completely in the open, using his blog to post ideas and partial progress. What´s more, he issued an open invitation asking other people to help out. Anyone could follow along and, if they had an idea, explain it in the comments section of the blog. Gowers hoped that many minds would be more powerful than one, that they would estimulate each other with different expertise and perspectives, and collectively make easy work of his hard mathematical problem. He dubbed the experiment the Polymath Project.

***

“Tim Gowers no es el típico blogger que podrías esperar. Matemático de la Universidad de Cambridge, Gowers posee lo que se considera como el más alto honor en matemáticas, la Medalla Fields, a menudo llamado el Premio Nobel de matemáticas. Su blog irradia ideas y conocimientos.

En enero de 2009, Gowers decidió utilizar su blog para poner en marcha un inusual experimento social. Escogió un problema matemático especialmente difícil e importante, un problema que dijo “le gustaría resolver.” Pero en lugar de afrontar el problema por su cuenta, o con algunos colegas cercanos, decidió afrontarlo de una forma completamente abierta, utilizando su blog para publicar las ideas y los progresos parciales. Pero no sólo eso: además envió una invitación pidiendo ayuda a otras personas. Cualquiera podía seguir su desarrollo y, si tenían una idea, explicarla en la sección de comentarios del blog. Gowers tenía la esperanza de que la mente de muchos sería más poderosa que la de uno solo, que se estimularían unos a otros con diferentes experiencias y perspectivas, y que el conjunto facilitaría el trabajo de resolver su complicado problema matemático. Llamó a a su experimento el Proyecto Polymath.

Nosotros lo llamamos La Ciencia Hacker.

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