A hombros de gigantes para sentarse en los hombros de los enanos…

11 jun

Seguramente la mayor parte de vosotros ya conoce a Jack Andraka, el chico de 16 años que ha desarrollado un test diagnóstico para el cáncer de páncreas gracias a sus ganas y a la posibilidad de acceder de forma relativamente sencilla a multitud de artículos publicados de forma abierta. Hoy, en la Right to Research Coalition, se congratulan de una entrevista concebida por el chico y Francis Collins, director del NIH (más abajo), en la que ambos abogan por el acceso abierto en la ciencia y se felicitan de que Obama obligue a que la ciencia financiada por el NIH y otros organismos públicos americanos, sea de acceso abierto. No podemos más que felicitarnos por dicho posicionamiento y ojalá las autoridades y, mucho más importante, las cabezas científicas visibles de nuestro país, pensaran igual y tuvieran el mismo compromiso con la idea.

No seré yo el que niegue el mérito al que, por lo demás, es un hacker en toda regla. Sin embargo, hay una contradicción fundamental en Jack Andraka de la que probablemente ni se haya dado cuenta al transmitir su sincero mensaje abogando por la ciencia de acceso abierto: ha patentado su hallazgo y busca alianzas con inversores (capturadores de rentas) para desarrollar su invento. Lo que a Jack le parece que beneficia a todo el mundo cuando es abierto, no lo lleva a la práctica cuando es él quien, añadiendo una cantidad de conocimiento marginal a una cantidad de conocimiento ingente previo, se coloca en la posición de poder beneficiarse. Sin que parezca importar que, al patentarlo en lugar de publicarlo de forma abierta, se restinja el acceso a su importante contribución. Jack se aprovecha del “comunismo de los científicos“, aboga por él, lo defiende, lo abandera y lo agradece ante Francis Collins…para luego servirse de él y entorpecer el progreso. Y la R2R, imprescindible en todo esto, no se da cuenta de la brutal contradicción.

Modificando la célebre frase de Isaac Newton, Jack se subió a hombros de gigantes para luego, quizá sin darse cuenta, sentarse encima de los enanos que vengan detrás.

ENCODE, o la transparencia del código.

10 sep

Hace unos días se publicaron, simultáneamente y en varias revistas, multitud de datos sobre el proyecto internacional de secuenciación del ADN ENCODE. Los trabajos los fimaban más de 400 científicos que han trabajado -en mayor o menor medida- de forma conjunta. Entre las conclusiones que han obtenido es que gran parte de lo que se consideraba ADN basura no es tal. Y que variaciones en muchas de estas regiones antes denostadas parecen relacionarse con la aparición de multitud de enfermedades. Los datos, sus interpretaciones y la concepción de estos estudios tienen diversas aristas, que pretendemos tratar próximamente. Ahora, por lo pronto, nos interesa rescatar la parte final de un texto de Ed Yong, que ha trabajado este tema con gran dedicación y que habla sobre la comunicación y el uso futuro de todos estos datos:

(versión traducida)

¿Cómo van a buscarle sentido los científicos a todo esto?

ENCODE es enorme. Los resultados de esta fase se han publicado en 30 artículos principales en Nature, Genome Biology y Genome Research junto con una serie de artículos secundarios en Science, Cell y otras revistas. Y todo está disponible de forma gratuita.

Las páginas de las revistas en papel son un pobre repositorio para tal cantidad de datos, así que el equipo ENCODE ha diseñado un nuevo modelo de publicación. En el portal de ENCODE los lectores pueden seleccionar entre 13 temas de interés, y seguir sus “hilos” a lo largo de los diferentes artículos. Di por ejemplo que quieres saber sobre las secuencias “potenciadoras”. El hilo te llevará a los párrafos más relevantes de entre los 30 artículos de las tres revistas. “Para evitar que la gente tenga que filtrar previamente los 30 artículos y seleccionar los que realmente quiere leer,  nosotros le facilitamos ese hilo“, dice Birney.

Y sí, hay una app para eso.

La transparencia también es un asunto importante. “Con estos proyectos científicos tan exhaustivos, tiene que haber una gran confianza en que el análisis de los datos se ha hecho correctamente”, dice Birney. Pero no tienes simplemente que confiar. Al menos la mitad de las figuras de ENCODE son interactivas, y los datos que están detrás de ellas pueden ser descargados. El equipo ha diseñado también una “máquina virtual” – un archivo descargable con casi todos los datos y los códigos que se han usado en los análisis. Piensa en ello como en la sección de Métodos más completa jamás hecha. Con la máquina virtual “puedes reproducir paso por paso lo que hicimos para llegar a la figura”, dice Birney. “Creo que eso debería ser el estándar para el futuro”.

(versión original)

How will scientists actually make sense of all of this?

ENCODE is vast. The results of this second phase have been published in 30 central papers in Nature, Genome Biology and Genome Research, along with a slew of secondary articles in Science, Cell and others. And all of it is freely available to the public.

The pages of printed journals are a poor repository for such a vast trove of data, so the ENCODE team have devised a new publishing model. In the ENCODE portal site, readers can pick one of 13 topics of interest, and follow them in special “threads” that link all the papers. Say you want to know about enhancer sequences. The enhancer thread pulls out all the relevant paragraphs from the 30 papers across the three journals. “Rather than people having to skim read all 30 papers, and working out which ones they want to read, we pull out that thread for you,” says Birney.

And yes, there’s an app for that.

Transparency is a big issue too. “With these really intensive science projects, there has to be a huge amount of trust that data analysts have done things correctly,” says Birney. But you don’t have to trust. At least half the ENCODE figures are interactive, and the data behind them can be downloaded. The team have also built a “Virtual Machine” – a downloadable package of the almost-raw data and all the code in the ENCODE analyses. Think of it as the most complete Methods section ever. With the virtual machine, “you can absolutely replay step by step what we did to get to the figure,” says Birney. “I think it should be the standard for the future.”

¿Acceso abierto en la UE?

22 jul

La ciencia hacker acaba de saber, gracias a un post de Synaptica, que, por lo que parece, la Union Europea va a seguir los pasos de el NIH, de las universidades americanas y de el NHS de el Reino Unido para hacer que la investigación financiada con fondos públicos pase a ser de acceso libre. Al menos así reza este comunicado de prensa… Además justo hoy se publica un artículo interesante al respecto en The Economist. Osea, parece que algo se mueve.

Ya veremos a ver cuánto tardan en llegar los lobbies del copyright a Bruselas, dónde encuentran siempre recogimiento y comprensión, pero si se lleva a cabo una decidida politica de Open Access para toda la UE volveré a creer en la política que no esté al servicio más que de sus ciudadanos.

El exitoso experimento de un mundo sin patentes

17 jun

Uno de los pilares fundamentales de la ciencia hacker se basa en la devolución de aquello que la ciencia genera a la sociedad en la cual se genera de forma inmediata y sin limitaciones. Hace ya algún tiempo escribiamos en otros lugares al respecto, pero se hace necesaria una aclaración específicamente dirigida al mundo de la ciencia. El primer motivo es contestar el comentario lanzado en un post anterior sobre la utilidad de las patentes como forma de financiar la propia actividad científica, actitud muy extendida en el mundo científico. La segunda razón de este post es tratar de promover otra actitud en el científico al respecto. Como mínimo aportar una visión alternativa sin entrar demasiado en la teoría, usando un ejemplo real y concreto. Un ejemplo de sobra conocido por todos los científicos.

Antes de nada un poco de contexto. La actitud del científico en general ante las patentes es la de gran parte del resto de gente dedicada a la innovación. Conseguir una patente es algo deseable. Algo completamente legítimo. No sólo son aceptables científicamente y útiles como promotoras de innovación, sino que son un objetivo científico. Sin embargo, como todo en el mundo de la ciencia, son un objetivo porque forman parte de lo exigible para conseguir financiación. Y quien exige eso es quien financia la ciencia. Y quien financia la ciencia tiene una mentalidad bastante diferente a la del propio científico. En los siguientes párrafos intentaré hacer ver que la actitud del científico ante la patente es exactamente la misma que ante las publicaciones Open Access o compartir los datos. Su aceptación dpende de en cuánto contribuyen a mantener la propia financiación. Sea por imperativo de la agencia financiadora o porque puntuan positivamente en los baremos de evaluación de proyectos.

Pero entremos en materia con la primera contradicción. La ciencia, tanto a nivel individual de cada grupo como a nivel institucional está aceptando el open access de forma muy rápida. No sólo, como decimos, por imperativo de las agencias financiadoras, sino por convencimiento de que el open access incrementa la accesibilidad y el impacto. Hasta el punto de que los guardianes de las esencias privativas, despues de dar la batalla y gracias a una oposición ideológica que comienza desde las ciencias duras (matemáticas, física…), empiezan a ver el Open Access como algo inevitable. El futuro de la publicación científica (sólo Plos One publica en estos momentos mas de 2000 articulos mensuales en abierto) pasa por el Open Access. Dos son los argumentos esgrimidos para que toda la ciencia, al menos toda aquella que es financiada con dinero público o de fundaciones, que es la mayoria, sea abierta. Quedémonos con ambos argumentos porque nos harán falta más adelante. El primer argumento es ideológico. Si la sociedad invierte en ciencia, la sociedad tiene derecho a acceder a esa ciencia sin pagar dos veces por ello y las instituciones defienden ese derecho de los ciudadanos que financian la ciencia. El segundo es utilitario. Publicar en abierto, al poder acceder todo el mundo, incrementa las posibilidades de que dicho hallazgo se conozca, se comparta y se reutilice. Es decir, incrementa el impacto del hallazgo y, en segunda instancia, la reputación del científico. Por estas dos razones, los cientificos se están moviendo masivamente al Open Access. Porque se lo exigen los que les financian y porque les interesa cientificamente.

Pero, ¿qué pasa con las patentes?… sorprendentemente pasa la contrario. Pero vamos a poner un ejemplo. El ejemplo de un exitoso experimento de un mundo sin patentes. Existe un mundo en que sus habitantes innovan a velocidades de vértigo (por poner un ejemplo pongo uno de los mios, pero vale cualquier tema). Las ideas no sólo no pueden ser mantenidas en secreto sino que se han de publicar con todo lujo de detalles si se quiere sobrevivir. Se han de publicar rápido, antes que los demás. Con la única ventaja de la experiencia previa, muy pocas veces con la ventaja de la posición. Y si existe posición es por el trabajo acumulado y la experiencia. El haber conseguido algo en un campo específico no asegura el éxito futuro a no ser que se mantenga el ritmo innovador. Y la remuneración depende no de la renta, no de la posición. No de un privilegio legal. Depende de la reputación. Ese mundo, como habréis adivinado es la propia ciencia. El científico depende, inicialmente, de tener capacidad de trabajo e ideas. Eso le reporta publicaciones. Las publicaciones, reputación (impacto, llamadlo como querais). La reputación le reporta financiación. Esa financiación depende hoy dia mayoritariamente de los organismos públicos y fundaciones pero en un futuro puede depender de ciudadanos anónimos, de asociaciones de pacientes, de filántropos, del crowdfunding… pero la forma será la misma. La reputación guiará la financiación. Si un científico para en seco de innovar en un plazo relativamente breve dejará de recibir dinero. Eso no sucede con una patente. Una patente asegura la posición por un plazo que, en la mayoria de los casos, es muy superior probablemente al de la vida útil del producto patentado. Obviamente hay cientificos que usan su posición, pero esa posición se la da la trayectoria, la experiencia y la tienen que pelear cada dia. Si yo me he dedicado toda la vida a la esclerosis multiple, tendré muestras, pacientes, experiencia, conocimientos, bases de datos, técnicas de inmunología, máquinas para inmunología, técnicos formados en inmunología… si me he dedicado toda la vida al cancer y ahora me quiero dedicar a la esclerosis multiple pues parto de una posición de desventaja pero puedo usar los recursos de los que dispongo para tratar, mediante una idea muy innovadora, de adelantar a aquellos mejor situados a priori. No hay barrera legal.

Todo el párrafo anterior resume una idea. Las patentes son monopolios cuya única razon de ser es utilitaria, premiar la innovación. Mejor dicho, premiar la innovación aplicada. Pero hay gente en el mundo dedicada a innovar por el mero hecho de innovar, de saber más (o ayudar al prójimo o mantenerse motivado, lo que sea). Y esa gente, sin ganar más dinero por restringir sus hallazgos y forzada a publicarlos, innova y genera nuevos conocimientos a grandísima velocidad (mucho mas desde luego que la generación de nuevos fármacos, por poner un ejemplo clásico de mercado privativo). No sólo eso, sino que a esa gente, la aparición de restricciones al conocimiento (sean las publicaciones privativas o sean las propias patentes de productos científicos) le supone trabas enormes a su capacidad. Una patente a un ELISA o a un Western-Blot habria finalizado hace 10 años aproximadamente. Si hasta hace 10 años hubiéramos tenido que pagar por cada Western-Blot o ELISA que hacemos porque una compañia posee esa patente, qué hubiera sido de la ciencia? Si el genoma humano hubiera sido patentado…¿podriamos usar ahora UniGENE, ENSEMBL, MEME Suite, por citar algunas entre las decenas de bases de datos de analisis genéticos? Seguramente toda esa eclosión de herramientas habria sido imposible.

Entonces… ¿por qué los cientificos, que abrazan el Open Access, tienen las patentes entre sus objetivos?. Por lo mismo por lo que abrazan el Open Access pero con una confusión en el medio. Las patentes forman parte de los “requisitos” de los gobiernos para que un grupo sea financiado (es decir, el imperativo institucional). Y los cientificos creen que las patentes incrementan su reputación por ese mismo motivo (y porque les da dinero cuantificable). Si no fuera por esas dos cosas los cientificos no gastarian ni un minuto de burocracia en patentar. Pero si ha quedado mas o menos claro que, desde el punto de vista utilitario, como el Open Access, la consecución de patentes no es, en absoluto, beneficiosa para el científico, además, nos queda el otro argumento. El ideológico. Que, no sabemos por qué extraña circunstancia, en este caso, no sigue la lógica que las instituciones y los propios científicos aplican al Open Access. No hay que olvidarse que la ciencia se paga, mayoritariamente, con dinero público y de fundaciones. El objetivo de la ciencia y el motivo por el que recibe dinero publico no es que los cientificos vivan mejor y se puedan financiar de otra manera (como apunta el comentario de “Debate Interno”). El motivo es mejorar la vida de la gente. Y por eso, si la divulgacion de los hallazgos ha de ser gratis para no pagar dos veces lo mismo, lo mismo vale para el producto de los hallazgos. Para el propio hallazgo. Es inmoral que una molécula descubierta con esfuerzo público (o descubierta gracias a la ingente cantidad de información generada por el esfuerzo público, por el comunismo de los científicos) sea patentada, la patente comprada por una empresa especializada y repagada de nuevo a precio desorbitado por aquellos que la financiaron en primera instancia. Por ponerlo claro: Si la integrina alfa-4 se descubre gracias a becas publicas y se ensaya y demuestra efectivo su bloqueo en ratones con “esclerosis multiple” gracias a becas publicas, ¿por qué ahora hay que pagar 30000 dolares cada año por cada paciente tratado con dicha aproximación?. Hay mas de 100.000 pacientes con esclerosis multiple tratados con natalizumab, echad cuentas anuales solo para una enfermedad y un tratamiento. Además, si patentar no sólo no acelera sino que frena dramáticamente la innovación, ¿no le estamos dando dos patadas a la vez a quienes financian la ciencia que no son otros que sus beneficiarios finales, los ciudadanos? Frenamos los hallazgos y se los hacemos pagar a precio privativo. Exactamente la lógica contraria a lo que aplaudimos con el Open Access.

La batalla de acabar con las patentes se libra en la ciencia. Porque los científicos saben que la innovacion no depende de que se proteja la posición del innovador artificialmente mediante un monopolio, sino precisamente de todo lo contrario, de que no se proteja la posicion de ninguna manera más que la generación de mas innovación. Si los cientificos, paradigma clásico de lo que la sociedad entiende por innovar (lo siento por el software), abrazan el Open Access y rechazan las patentes, el resto de ámbitos caerán sin remedio. El exitoso experimento de un mundo sin patentes será adoptado por el resto de ámbitos (no sin lucha, la lucha de las rentas, obviamente). La economia puede dar el argumento teórico pero la ciencia aportará el experimento real de cómo basar el progreso en la innovación competitiva y la remuneración en la reputación. Pero para eso hay que convencer a los científicos. Y los científicos no suelen atender a ideologías. Suelen atender a razones y, si, a mandatos y baremos institucionales. Así que ya sabemos dónde hay que librar la batalla por una ciencia hacker. En nombre de la innovación pero, sobre todo, en nombre de quien la financia.

access2research.org

29 may

 

Firma por la ciencia de acceso abierto

23 may

Una petición cortita…Hace un par de días que la propuesta de que toda la ciencia financiada públicamente ha de ser abierta por ley fue lanzada en la web de la Casa Blanca. Aunque no seas ciudadano americano puedes votar para que se lleve a cabo. Ni que decir tiene que lo siguiente debería ser dirigirnos a nuestros propios gobernantes. Pero si los referentes mueven ficha mejor que mejor…
Aquí el enlace.

La pirámide de la comunicación (científica)

13 may

Hay una estructura, en medio del “nuevo mundo” de las redes sociales, que no cuesta aceptar como una de las más deseables. Se trata de lo que la Indianopedia ha dado en llamar la “pirámide del compromiso” (que también ha sido recogida numerosas veces por el Antroposcopio de querolus). Básicamente se trata de una subida por peldaños en la generación de valor: desde el mero conocimiento de una “marca” (adhesión, publicidad) hasta la génesis de una identidad, de una verdadera comunidad. Para ello hay que ir ascendiendo por niveles como son la mera adhesión (los “me gusta” del Facebook, sin ir más lejos) o la participación por medio de blogs generadores de contenidos (lo que, por el momento, tratamos de hacer aquí). Parece, sin embargo, que, como Maslow, esta misma forma es la que pueden adoptar los distintos flujos de la comunicación, la científica incluida.

Mucho se debate sobre el papel de las redes sociales y/o la blogosfera en relación con los medios de comunicación “generalistas”. Incluso de cuál debe ser la evolución de estos últimos con el avance de las nuevas tecnologías, no sólo en cuanto adaptación al mercado, sino también sobre el papel que deben tener: si deben tender a ser  agencias de información o generadores de opinión. Y hasta qué punto siguen teniendo la exclusiva de la necesidad. En medio de este (trascendental) debate, la forma de la pirámide parece perfilarse como una atractiva opción. Un ejemplo bastante esclarecedor es el que ha tenido lugar hace unas semanas, con motivo de la salida a la luz pública del Proyecto Lazarus, a cargo de la investigadora Almudena Ramón Cueto.

El proyecto Lázarus ha sido organizado por familares de pacientes con lesión medular. Su propósito es recaudar mediante crowdfunding unos 700.000 euros, necesarios para llevar a cabo un ensayo clínico con 5 pacientes. Dicho ensayo consiste en el transplante de células nerviosas (procedentes de la glía del bulbo olfatorio) que se espera puedan restaurar la función medular perdida. Hasta aquí nada parece anormal. Pero:

El 6 de marzo de 2012 apareció en la cuenta de twitter de David Villa (el jugador del Barça, sí) un anuncio de difusión del proyecto. Pero el contenido, al parecer, no era del todo tranquilizador. Aparece entonces la base de la pirámide: @maikelnaiblog, bloguero del grupo Amazings realizó una pequeña investigación del asunto y publicó esta entrada: Proyecto Lazarus: ¿es ético saltarse los pasos sanitarios habituales? Lo que @maikelnaiblog resalta es que la doctora Cueto, aun perteneciendo al CSIC (institución rigurosa, en principio) ha tenido bastantes problemas con el Centro de Investigación Príncipe Felipe -en el que trabaja-, y que ya no recibe financiación del propio CSIC. Además, da a conocer que en el año 2000 publicó un artículo exitoso sobre el mencionado transplante en la prestigiosa revista Neuron, pero que desde entonces no hay trabajos en primates (siguiente paso necesario para llegar al ensayo clínico en humanos). Y concluye: “No tengo medios ni tiempo para investigar. Probablemente si lo hiciera me encontraría además con una demanda a la que no puedo hacer frente, pero me gustaría dejar el guante lanzado para que algún medio se pusiera manos a la obra.”

Es decir, solicitaba ayuda al siguiente escalón. Él, como parte de la “vasta horizontalidad” había detectado algo que creía debía investigarse. Pero ese no es su trabajo, ni probablemente su cometido. Sin embargo su labor puede ser crucial para que los cazadores de noticias “profesionales” tengan redes que lanzar.

El guiñó lo recogió el periódico El País, de la mano de Jaime Prats, que publicó el artículo “Alerta entre los científicos por una colecta para curar a parapléjicos” y en el cual, de una forma mucho más contextualizada y con la opinión de diversos “expertos” y profesionales relacionados, enriquece el debate (aun dando mayor calado a la postura crítica previa de Amazings). Pero además, cada escalón de la pirámide es susceptible de ser revisado, como hizo Pere Estupinyá en su tracker del MIT. Pere se hace eco de los distintos pasos de la historia, e incluye: “Parece que sí es precipitado realizar tales intervenciones en pacientes, y es lógico que las autoridades sanitarias no autoricen estos estudios. Otro asunto es si con el dinero de una fundación privada podrían ser permitidos. El comité de ética del CSIC todavía no se ha pronunciado. pero de momento, las notas de Amazings y El País ya han hecho la importante labor de moderar las exageraciones que se habían vertido sobre un proyecto en investigaciones que no están tan claras como sus responsables apuntan.”

Y lo han hecho en forma de pirámide.

Una pirámide cuya base está viva, se mueve, y debe crecer.

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